Descripción
El propósito del curso es introducir al alumnado al vasto y fascinante campo de la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies. El curso pretende que el alumnado aprenda las bases conceptuales más importantes para el adecuado uso e interpretación de los modelos de nicho ecológico y que adquiera habilidades técnicas para el uso de los programas de modelación y paquetería en R que le permita desarrollar diversos análisis, con énfasis en los temas de cambio climático e invasiones biológicas. Al tratarse de un curso introductorio, habrá sesiones en las que se presenten los conceptos centrales en ecología geográfica y otros temas, y sesiones prácticas para el uso de programas de modelación y paquetería de R.
Importante: Se abrirá un único grupo.
- Inicia el miércoles 19 de febrero de 2025 y finaliza el 09 de abril de 2025.
- Se impartirá todos los miércoles de 18:00 a 20:00 horas (GMT-6) durante 8 semanas.
- Modalidad: Virtual.
- Teórico/Práctico: Para completar el programa, es necesario tener una asistencia efectiva de más del 75% de las clases sincrónicas virtuales, y sus evaluaciones con un promedio mayor o igual a 70.
- Costo: Gratuito.
- Tener disponibilidad de al menos 16 horas durante todo el programa para asistir a ocho sesiones sincrónicas virtuales de clases. (2hrs / clase)
- Tener disponibilidad de al menos 32 horas durante todo el programa para realizar tareas cortas y un proyecto final. (4hrs / semana)
- Tener conocimientos básicos de R y de SIG (en R o en cualquier otro programa).
- Llenar el formulario para Participar en las actividades de la redbioma (anteriormente circulado, por favor llenarlo una sola vez).
Formulario de inscripción
Enlace: Inscripciones Modelado de nichos ecológicos
Objetivos
General
Obtener los conocimientos teóricos y prácticos básicos para el adecuado uso de la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies.
Específicos
- Conocer las bases conceptuales de ecología geográfica que sustentan la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies.
- Familiarizarse con el manejo de programas y paquetería de R para generar modelos de nicho ecológico.
- Aplicar la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies en el contexto de cambio climático.
Metodología del curso
El curso es teórico-práctico, por lo que en las sesiones sincrónicas se dispondrá de un tiempo para presentar los conceptos básicos que permitan entender el funcionamiento y buen uso de los modelos de nicho ecológico, a través de ejemplos específicos. Asimismo, se realizarán ejercicios prácticos que permitan al alumnado adquirir las herramientas básicas para desarrollar proyectos de investigación. Se asignarán tareas que refuercen los conocimientos adquiridos y se desarrollará un proyecto final individual o en equipo que ponga en práctica los conceptos y procedimientos aprendidos durante el curso.
Importante:- Todas las sesiones sincrónicas serán grabadas y publicadas en el sitio web del proyecto.
- Los proyectos finales de investigación serán publicados en el sitio web del proyecto.
Contenidos del programa
- Introducción
- Introducción a los modelos de nicho.
- Conceptos de nicho ecológico.
- Práctica: Instalación de paquetería en R.
- Conceptos fundamentales
- Nichos y distribuciones.
- El proceso de modelado.
- Práctica: Explorando ntbox.
- Datos de entrada
- Datos biológicos: consideraciones y fuentes.
- Datos ambientales: área de calibración, M, consideraciones y fuentes.
- Práctica: Obtención y limpieza de datos biológicos y preparación de capas ambientales.
- Algoritmos de modelación I
- Tipos de algoritmos.
- Maxent.
- Práctica: Modelación en la plataforma Maxent.
- Algoritmos de modelación II
- Elipsoides.
- Práctica: Modelación con elipsoides en ntbox.
- Transferencia de modelos de nicho en espacio y tiempo
- Transferencia de modelos.
- Consideraciones en el contexto de cambio climático.
- Práctica: Transferencia de modelos.
- Evaluación de los modelos
- Desempeño vs significancia estadística.
- Métricas de desempeño y métodos estadísticos de validación.
- Práctica: Evaluación de los modelos.
- Cierre y presentación del trabajo final
- Recapitulación.
Evaluación
Las personas estudiantes llevarán a cabo tareas y un proyecto final, los rubros de las evaluaciones serán los siguientes:
Rubro | Valor (%) |
---|---|
Clases presenciales | 40 |
Tareas | 25 |
Proyecto final | 35 |
Total | 100 |
Las tareas se podrán entregar hasta las 12:00 GMT-6 horas (medio día) del día anterior a la siguiente clase.
Cronograma de clases
Clase | Semana |
---|---|
Introducción | 1 |
Conceptos fundamentales | 2 |
Datos de entrada | 3 |
Algoritmos de modelación I. Maxent | 4 |
Algoritmos de modelación II. Elipsoides | 5 |
Transferencia de modelos | 6 |
Evaluación de modelos | 7 |
Presentaciones finales | 8 |
Materiales
Algunos recursos y materiales disponibles en la red para profundizar en diferentes aspectos del Modelado de Nichos Ecológicos (MNE):
- Luis Osorio – Recursos para aprender R y ntbox
- Town Peterson – Curso MNE
- Ángela Cuervo – Canal de seminarios y diversos recursos sobre MNE
- GBIF España – Recursos para manejo de datos biológicos y MNE
- Damaris Zurell – Mini-curso para modelar distribuciones en R (en inglés)
Referencias
-
Peterson, A. T., Soberón, J., Pearson, R. G., Anderson, R. P., Martínez-Meyer, E., Nakamura, M., & Araújo, M. B. (2011). Ecological niches and geographic distributions. Princeton University Press. Enlace externo
-
Osorio-Olvera, L., Lira-Noriega, A., Soberón, J., Peterson, A. T., Falconi, M., Contreras-Díaz, R. G., … & Barve, N. (2020). ntbox: An r package with graphical user interface for modelling and evaluating multidimensional ecological niches. Methods in Ecology and Evolution, 11(10), 1199-1206. Enlace externo
-
Merow, C., Smith, M. J., & Silander, J. A., Jr. (2013). A practical guide to MaxEnt for modeling species’ distributions: what it does, and why inputs and settings matter. Ecography, 36(10), 1058-1069. Enlace externo
-
Werkowska, W., Márquez, A. L., Real, R., & Acevedo, P. (2017). A practical overview of transferability in species distribution modeling. Environmental Reviews, 25(1), 127-133. Enlace externo
-
Anderson, R. P. (2013). A framework for using niche models to estimate impacts of climate change on species distributions. Annals of the New York Academy of Sciences, 1297(1), 8-28. Enlace externo
-
Zurell, D., Franklin, J., König, C., Bouchet, P. J., Dormann, C. F., Elith, J., … & Merow, C. (2020). A standard protocol for reporting species distribution models. Ecography, 43(9), 1261-1277. Enlace externo
-
Feng, X., Park, D. S., Walker, C., Peterson, A. T., Merow, C., & Papeş, M. (2019). A checklist for maximizing reproducibility of ecological niche models. Nature Ecology & Evolution, 3(10), 1382-1395. Enlace externo
Contactos
Persona facilitadora | Correo electrónico |
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Instructor: Enrique Martínez Meyer | emm@ib.unam.mx |
Instructor: Luis A. Osorio Olvera | luis.osorio@iecologia.unam.mx |
María Auxiliadora Mora | maria.mora@itcr.ac.cr |